Shaolan , fils adoptif de Fugitaka, un archéologue, fait des fouilles dans le désertique pays de Clow , où il découvre des vestiges mystérieux. Mais lorsque son amie d'enfance dont il est amoureux, Sakura , princesse du royaume, s'en approche, elle semble aspirée par une forte puissance magique. Shaolan la retient, mais les souvenirs de Sakura s'envolent, dispersés à travers les dimensions, sous forme de plumes.

Yukito , grand prêtre du royaume, transporte alors Shaolan et Sakura dans une autre dimension où vit Yūko , une sorcière capable d'exaucer n'importe quel vœu. Prêt à tout pour sauver Sakura, dont le corps sans souvenirs ne survivra pas longtemps, Shaolan accepte le prix à payer, imposé par Yūko : il pourra récupérer tous les souvenirs de son amie mais il sera effacé de sa mémoire.

Aidé par Kurogane , ninja envoyé par la princesse Tomoyo  afin de canaliser ses pulsions meurtrières

Fye , qui fuit son Monde d'origine

Et Mokona Modoki, une "boule de poil" (proche du marshmallow ) qui leur permet de contacter Yūko en cas de problème et de se déplacer à travers les dimensions, Shaolan va se mettre en quête des souvenirs de Sakura.(Mokona est trop mimi ^_^)

Mais ceux-ci renferment une immense puissance qui attire de nombreuses convoitises…